Il cortile corrisponde alla parte più antica e più importante della reggia, costruita per i viceré spagnoli di Napoli a partire dal 1600. Come nei grandi palazzi del Rinascimento, lo spazio quadrato è articolato in un doppio loggiato, realizzato su disegno dell’architetto Domenico Fontana. Ciascun lato è scandito da cinque arcate in piperno, la pietra lavica locale. Il fregio che divide i due piani è decorato con stemmi ed emblemi della Casa di Spagna, tra cui si distinguono quelli delle province di Castiglia e León, rappresentate rispettivamente da un castello e da un leone; al di sopra dell’arcata che conduce allo Scalone d’Onore è scolpito il simbolo dell’ordine cavalleresco del Toson d’oro.
Nell’ambito dei lavori di restauro eseguiti dopo l’incendio che nel 1837 distrusse una parte della reggia l’architetto Gaetano Genovese eliminò le finestre al piano nobile, creando una serie di ampie vetrate. Le eleganti lanterne che illuminano il cortile risalgono al periodo del Regno d’Italia (dopo il 1861).
In asse con l’ingresso principale è collocata la Fontana della Fortuna, ornata da una statua commissionata dal re Carlo di Borbone nel 1742 e qui collocata alla metà dell’Ottocento.